Historia Dzieje kościoła są związane ze szpitalem dla ubogich, który pojawia się w dokumentach dopiero w XVI wieku, ale powstał prawdopodobnie wraz z ufundowaniem kolegiaty w XII wieku. Pierwsza wzmianka o kościele Świętej Trójcy pochodzi z 1602 roku w wydanym przez biskupa Bernarda Maciejowskiego przywileju. W 1638 biskup krakowski Jakub Zadzik ustanowił probostwo szpitalne z lokalizacją przy kościele Św. Trójcy. Niedługo potem został wybudowany murowany kościół i drewniane pomieszczenia szpitalne, które swe powstanie zawdzięczają późniejszemu prepozytowi ks. Maciejowi Obłomkowiczowi. Budowa została zakończona w 1644 roku, a przy kościele starosta kielecki – Stanisław Czechowski ufundował kaplicę Zaśnięcia Najświętszej Marii Panny. Dwa lata później 6 kwietnia 1646 roku biskup krakowski Piotr Gembicki dokonał konsekracji świątyni. W 1725 biskup krakowski Konstanty Felicjan Szaniawski ufundował obecny ołtarz główny, ołtarze boczne, ławki oraz ambonę. Została także rozpoczęta budowa zakrystii. W 1726 roku ustanowił w Kielcach seminarium duchowne i włączył kościół Świętej Trójcy do jego uposażenia. W II połowie XVIII wieku Michał Jakubowski ufundował rokokowe chórki muzyczne. W XIX wieku zostały dokonane zmiany oraz odnowiono bryłę i wnętrze kościoła. W 1889 r.