Rok później ukazała się płyta „Savage Garden”, a dwa lata później „Wrap Your Troubles in Dreams” będąca zwieńczeniem glam metalowego okresu grupy.
Wydany w 1999 roku „Wasting the Dawn” stanowił odejście w kierunku rocka gotyckiego i zaznaczał pojawienie się dwóch postaci – nieformalnego „szóstego członka” zespołu, producenta Johnny’ego Lee Michaelsa, oraz Ville Valo z formacji HIM, który od tego czasu często gościł na kolejnych wydawnictwach.
2000– thumb|left|The 69 Eyes na festiwalu M’era Luna 2005
Przełomem w karierze okazał się wydany w 2000 roku album „Blessed Be”, który dotarł do 1. miejsca fińskiej listy przebojów i okrył się złotem. Panowie zagościli ponownie na pierwszych miejscach listy przebojów kolejnym albumem – wydany w 2002 roku „Paris Kills”, który po czasie zyskał status platynowej płyty. Była to ostatnia płyta studyjna wydana pod szyldem Gaga Goodies. W 2003 roku wydano jeszcze album kompilacyjny „Framed in Blood – The Very Blessed of the 69 Eyes”, wieńczący 11 lat współpracy.
W 2004 roku zespół podpisał umowę z EMI/ Virgin Records i pod jej szyldem wydał płytę „Devils”. Produkcją albumu zajęli się Lee Michaels i Hiili Hiilesmaa. Do głównego singla – „The Lost Boys” – nakręcony został teledysk, którego reżyserem został Bam Margera.