W 1837 przeniósł się do Paryża (prawo niemieckie zabraniało praktyki lekarskiej cudzoziemcom).
W Paryżu został asystentem profesora Jules′a Sichela w jego prywatnej klinice. W celu potwierdzenia dyplomu niemieckiego musiał również studiować i uzyskać tytuł doktora medycyny na uczelni francuskiej.
Od 1840 wykładał oftalmologię. W 1844 został lekarzem dobroczynności w VII okręgu Paryża. Pisał artykuły naukowe do czasopism francuskich i niemieckich. Udzielał się również jako pisarz polityczny w „Trzecim Maja”.
W Paryżu ożenił się z Niemką i zbliżył ze środowiskiem niemieckich lekarzy. Jako urodzony społecznik założył wkrótce towarzystwo lekarzy niemieckich (polskie środowisko naukowe było niewielkie i trudne do zorganizowania). Został jego pierwszym przewodniczącym.
Sytuacja materialna Szokalskiego nie była zbyt dobra i zmusiło go to do wyjazdu i pracy na francuskiej prowincji. W 1847 roku objął kierownictwo szpitala w Alice Sainte Reine w Burgundii, pracując jednocześnie na stanowisku lekarza kolei żelaznych linii Paryż – Lyon.