Historia Spółka do roku 2004 występowała pod nazwą KrakChemia S.A. Jej korzenie sięgają roku 1945, kiedy w Krakowie powstała Rejonowa Składnica Przemysłu Chemicznego, w 1955 przekształcona w Wojewódzką Hurtownię Przemysłu Chemicznego, z której później powstało Przedsiębiorstwo Handlu Chemikaliami „Chemia”, przekształcone w 1990 r. w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa.
Prywatyzacja 2 stycznia 1991 r. spółka została zarejestrowana jako Firma Handlowa „KrakChemia SA” i sprywatyzowana, a 28 lipca 1994 zadebiutowała w ofercie publicznej na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie.
KrakChemia została sprywatyzowana w listopadzie 1991 decyzją ówczesnego ministra przekształceń własnościowych, Janusza Lewandowskiego. W związku z tą prywatyzacją prokuratura w 1997 r. oskarżyła go o działanie na szkodę interesu publicznego, przekroczenie uprawnień i niedopełnienie obowiązków. Zarzuty dotyczyły m.in. wyboru mniej korzystnej oferty i poświadczenia nieprawdy w dokumencie, a rzekome szkody oszacowano na prawie 2,4 mln zł. W procesie oskarżeni zostali także dwaj krakowscy biznesmeni, w tym współwłaściciel Krakchemii, Henryk Kuśnierz, oraz urzędnik ministerstwa. Postępowanie wobec Lewandowskiego zostało umorzone w 2000 r. ze względu na chroniący go immunitet poselski. Proces został wszczęty ponownie w 2003 r.