Już w swoim pierwszym dużym międzynarodowym starcie – na mistrzostwach świata w Göteborgu (1995) – zdobył dla Danii złoty medal i tytuł mistrza globu w biegu na 800 metrów. W 1996 roku był niepokonany przez cały sezon jednak Międzynarodowy Komitet Olimpijski zabronił mu bronić duńskich barw na igrzyskach olimpijskich w Atlancie. Po tym wydarzeniu Kipketer rozważał zakończenie kariery, jednak na koniec sezonu 1996 ustanowił rekord życiowy na zawodach w Rieti czasem 1:41,83.
U szczytu swojej kariery Kipketer był w 1997 roku. W marcu podczas halowych mistrzostw świata zdobył złoty medal i dwa razy poprawiał halowy rekord świata: 1:43,96 (7 marca) i 1:42,67 (9 marca). Podczas zawodów DN Galan w Sztokholmie, 7 lipca, wyrównał rekord świata w biegu na 800 metrów uzyskując na stadionie olimpijskim rezultat 1:41,73 (poprzednio rezultat ten osiągnął w 1981 roku Sebastian Coe). Miesiąc później obronił tytuł mistrza świata wygrywając bieg na 800 m w Atenach. Po czempionacie na zawodach Weltklasse Zürich poprawił rekord świata czasem 1:41,24 – rekord Kipketera był jednym z trzech takich wyników osiągnięty podczas tego mityngu w ciągu 70 minut – oprócz średniodystansowca najlepsze wyniki w historii osiągnęli wówczas także Haile Gebrselassie w biegu na 5000 metrów oraz Wilson Boit Kipketer w biegu na 3000 m z przeszkodami.