Pierwotnie ściany nawy głównej podzielone były na cztery części – ponad pasem arkad i empor powierzchnia ścian była przebita rozetami i mniejszymi niż obecnie oknami. Rozwiązanie to nie zyskało uznania, gdyż wnętrze katedry było zbyt ciemne, i już w XIII wieku okna powiększono. W wieku XIX architekt Viollet-Le-Duc zrekonstruował pierwotną ich formę wokół skrzyżowania naw kościoła.
Transept katedry znajduje się w jej centralnej części, prawie pośrodku między wieżami zachodniej fasady a wschodnią apsydą. Nieznacznie występuje on poza mury zewnętrzne naw bocznych. Dobudowane w późniejszym okresie kaplice wokół obejścia dodatkowo wyrównują granicę zewnętrznych ścian z murami transeptu.
Notre Dame ma 130 m długości i 35 m wysokości w swoim najwyższym punkcie sklepienia.