Strój „domowy” (niebieski) został przywrócony.
Stevens i McLeary doprowadzili „Lwy” do ich pierwszego meczu na Wembley. Spotkali się tam z Wigan Athletic w finale Auto Windscreens Shield, jednakże Millwall w obecności 49 000 widzów przegrało 0:1 po bramce w doliczonym czasie gry.
XXI wiek Mark McGhee zastąpił Keitha Stevensa. Na stanowisku asystenta menedżera pozostał jednak Alan McLeary. 8 miesięcy ich pracy przyniosło awans do Division One. W klubie nadal jednak chciano powrotu do ekstraklasy i po nieudanym sezonie 2002-2003 McGhee został zwolniony.
W 2003 roku Dennis Wise, były gracz Chelsea, reprezentant Anglii, został zatrudniony jako piłkarz-menedżer. Już w swoim pierwszym sezonie odniósł sukces. Awansował do finału Pucharu Anglii, w którym jego podopieczni co prawda przegrali 0:3, ale ich przeciwnicy – Manchester United – zakwalifikowali się do Ligi Mistrzów, więc Millwall zostało upoważnione do gry w Pucharze UEFA. Podczas tamtego finału z powodu kontuzji boisko musiał opuścić Wise, a zastąpił go Curtis Weston, który został najmłodszym piłkarzem występującym w finale tych rozgrywek. Weston w dniu meczu miał dokładnie 17 lat i 119 dni. Pobił 125-letni rekord należący do Jamesa F.M. Prinsepa.