Jego praca została skrytykowana przez środowisko akademickie i jest postrzegana jako wysoce podejrzana, jeśli spojrzeć na nią przez pryzmat tradycyjnej antropologicznej pracy w terenie. Wielu próbowało szukać potwierdzenia prac Castanedy w jego osobistej historii oraz w historiach jego uczniów. Przeciwnicy twierdzą, że Castaneda pisał w stylu alegorycznym charakterystycznym dla wielu rdzennych kultur indiańskich. Niektórzy uważają prace Castanedy za największe mistyfikacje naukowe od czasów „Człowieka z Piltdown”.
Najbardziej kontrowersyjnym aspektem jego pracy są opisy używania roślin psychodelicznych jako środków pomagających w osiąganiu odmiennych stanów świadomości. W dwóch pierwszych książkach Castaneda pisze, że „ścieżka wiedzy” wymaga użycia silnych lokalnych roślin, takich jak pejotl czy bieluń (datura). W swojej trzeciej książce Droga do Ixtlan stwierdza, że don Juan użył na nim tych roślin, aby pokazać, że doświadczenia będące poza tymi znanymi z codziennego życia są prawdziwe i namacalne.
Później Castaneda wyrzekł się używania wszelkich psychodelików do tych celów, twierdząc że mogą one uszkodzić „świetlistą kulę” (ciało energetyczne) oraz ciało fizyczne.