po inwazji hitlerowskich Niemiec na Czechosłowację powrócił do kraju i przez kilka miesięcy był przetrzymywany w więzieniu w Siedlcach, a następnie został warunkowo zwolniony.
II wojna światowa Dekretem prezydenta RP Władysława Raczkiewicza z 31 października 1939 r. przywrócono mu wszystkie prawa obywatelskie, honorowe godności, odznaczenia i ordery. W czasie okupacji działał w Stronnictwie Ludowym „Roch”. W lipcu 1940 został aresztowany przez Gestapo i przebywał w krakowskim więzieniu przez pół roku (lipiec 1940 – styczeń 1941). Po zwolnieniu, do końca wojny był inwigilowany przez Gestapo.
Polska Rzeczpospolita Ludowa Po wojnie włączył się w działalność Polskiego Stronnictwa Ludowego, pełniąc w nim funkcję wiceprezesa Naczelnego Komitetu Wykonawczego (1945–1946) i prezesa Rady Naczelnej (1946–1948). Z ramienia ludowców brał udział w konferencji moskiewskiej, która doprowadziła do utworzenia Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, który powstał 28 czerwca 1945. W rządzie tym Kiernik pełnił obowiązki ministra administracji publicznej. 29 grudnia 1945 został posłem do Krajowej Rady Narodowej.