władze lokalne ostatecznie zrezygnowały z tego w 1926. Dla uczczenia tej decyzji do świątyni wstawiona została Częstochowska Ikona Matki Bożej, wizerunek szczególnie czczony przez katolików polskich. W 1928 w podziemiach cerkwi urządzono drugą świątynię, kaplicę Męki Pańskiej, do której trafiła część uratowanego wyposażenia z rozebranego soboru św. Aleksandra NewskiegoH. Sienkiewicz, Cerkwie..., s. 175.. Wcześniej, w 1925, rozpoczęty został generalny remont soboru. Z powodu braku pieniędzy musiał on zostać przerwany po wykonaniu jedynie prac w zewnętrznej części budynku. Dopiero w 1930 możliwe stało się podjęcie również prac renowacyjnych we wnętrzu, w szczególności czyszczenia freskówD. Sawicki, Historia Katedry..., s. 451.. Komisja remontowa na czele z biskupem Sawą (Sowietowem) nakazała również odnowienie ikonostasu św. Hioba Poczajowskiego i naprawę instalacji elektrycznejD. Sawicki, Historia Katedry..., s. 453..
W czasie II wojny światowej cerkiew nie poniosła większych strat. W 1939 wybuch bomby lotniczej w sąsiedztwie soboru wywołał niewielkie uszkodzenia dachu nawy bocznej.