Jednak w roku 1563, przede wszystkim pod wpływem Leliusza Socyna i Jerzego Blandraty, poparł unitarianizm i zaczął aktywnie wspierać braci polskich.
Już w czerwcu 1563 roku w swoich dobrach w Mordach zorganizował synod ariański, a w następnym roku zaczął zastępować pastorów kalwińskich ariańskimi. Przekazał też do ich dyspozycji drukarnię w Nieświeżu. Wspierał również ruch antytrynitarny na arenie międzynarodowej. Próbował bronić Jerzego Blandratę oskarżonego przez Jana Kalwina oraz wspierał księcia Siemiogrodu Jana Zygmunta Zapolyę, który również popierał unitarian.
Pomimo wielokrotnych prób przekonania do katolicyzmu przez nuncjuszy papieskich, Mikołaj Czarny do przedwczesnej śmierci w 1565 roku pozostał wierny reformacji i arianizmowi. Ponieważ w chwili jego śmierci nie był jeszcze formalnie dokonany ostateczny podział polskiego obozu reformacyjnego na Zbór Większy (kalwinizm) i Zbór Mniejszy (braci polskich), obie grupy przyznają się do niego jako swojego wyznawcy i protektora.
Po śmierci Mikołaja Czarnego niedokończone dzieło wspierania kalwinizmu kontynuował Mikołaj Radziwiłł Rudy, a najważniejszymi obrońcami arian pozostali Jan Kiszka oraz jego matka księżna Anna Radziwiłłówna Kiszczyna.