Po reorganizacji od marca 1953 Kuzniecow był głównodowodzącym Marynarki Wojennej i I zastępcą ministra obrony ZSRR. 3 marca 1955 jego stopień przemianowano na: Admirał Floty Związku Radzieckiego, a 27 kwietnia 1955 wręczono mu marszałkowską gwiazdę. Kuzniecow w tym okresie poświęcał uwagę technicznemu rozwojowi marynarki wojennej, szczególnie planom rozwoju lotnictwa morskiego. Jednak na skutek złych stosunków z ministrem obrony marsz. Gieorgijem Żukowem i rządzącym państwem Nikitą Chruszczowem, wkrótce ponownie został odsunięty od dowodzenia. 8 grudnia 1955 pod pretekstem winy w dopuszczeniu do zatonięcia pancernika „Noworossijsk”, za które nie ponosił odpowiedzialności, postanowieniem Rady Ministrów został pozbawiony swoich funkcji. 7 lutego 1956 obniżono mu stopień do wiceadmirała z uzasadnieniem „za poważne niedostatki w dowodzeniu flotami” i przeniesiono do rezerwy, bez prawa zatrudnienia we flocie.