Na przełomie 1620 i 1621 kilkumiesięczny Bogusław Radziwiłł przyjechał wraz z matką do Wilna, gdzie odbywały się uroczystości pogrzebowe Janusza Radziwiłła. Opiekę nad jego wychowaniem sprawował wówczas wyznaczony do tego dworzanin Radziwiłłów, Daniel Naborowski. Pod koniec lutego 1621 dwór księżnej Elżbiety Zofii wyjechał z Litwy i dotarł do Królewca, a następnie przeniósł się do Elbląga, żeby ponownie powrócić do Gdańska. Przez pierwsze dwa lata życia Bogusław Radziwiłł wychowywał się w Gdańsku i w majątku pomorskim w Smołdzinie.
W 1623 matka wywiozła syna do Lichtenberga we Frankonii, co stanowiło pogwałcenie umów zawartych z prawnym opiekunem Bogusława. Krzysztof Radziwiłł interweniował i Elżbieta Zofia, wówczas już żona księcia sasko-lauenburskiego Juliusza Henryka, wróciła z dziećmi przez Czechy do Polski. W 1628 młody Bogusław Radziwiłł został przedstawiony królowi Zygmuntowi III Wazie. Z Warszawy przez Sielec, Bielice, Jaszuny Bogusław wraz z rodziną przybył do Wilna, gdzie 22 sierpnia 1628 został oddany pod opiekę stryja, Krzysztofa Radziwiłła, a na jego życzenie przekazany na wychowanie ciotce, Annie z Kiszków Radziwiłłowej. W tym czasie przebywał w jej majątku w Dolatyczach. Jego nauczycielem został pastor Paweł Demitrowicz.