* Czołówka strzelców: 16 goli - Robert Żbikowski (GKS Jastrzębie), 13 goli - Grzegorz Kuświk (Gawin Królewska Wola) i Maciej Malinowski (GKP Gorzów Wielkopolski), 12 goli - Piotr Burski (Gawin Królewska Wola), 10 goli - Emil Drozdowicz (Lechia Zielona Góra) i Tomasz Jaworski (Skalnik Gracze).
Baraże o II ligę Ze względu na karną degradację KSZO Ostrowiec Świętokrzyski do III ligi, drużyna, która została do niego dolosowana w barażach (GKS Katowice) uzyskała awans bez gry.
Grupa IV
Drużyny
Grupa IV obejmuje drużyny z województw: lubelskiego; małopolskiego; podkarpackiego; świętokrzyskiego.
W sezonie 2006/2007 za rozgrywki toczące się w tej grupie odpowiedzialny był Małopolski Związek Piłki Nożnej.
Objaśnienia: W związku z wycofaniem się HEKO Czermno (spadkowicza z II ligi) z uczestniczenia w rozgrywkach III ligi w sezonie 2006/2007, utrzymała się Wisła II Kraków. Okocimski KS Brzesko wygrał baraże o awans do III ligi z Puszczą Niepołomice.
Tabela końcowa
||rowspan=3|
||rowspan=7|