Powstanie pierwszego kościoła miało zatem mieć miejsce w I połowie XII w., co można wiązać ze wspominaną datą 1148 oraz informacją Długosza o Piotrze Właście (datacja oparta na analizie odnalezionej ceramiki oraz porównaniach warsztatu murarskiego), a przebudowę ("III fazę") można wiązać z przekazaniem kościoła zwierzynieckim norbertankomRadwańska T., Kościół Salwatora na Zwierzyńcu w Krakowie w świetle badań archeologicznych, [w:] Materiały Archeologiczne, t. 13, 1986; Radwańska T., Krakowski kościół najśw. Salwatora po badaniach archeologicznych w latach osiemdziesiątych, "Materiały Archeologiczne", t. 27, 1993, z. 1.. Teorię tę potwierdziły także badania z zastosowaniem metody datowania radiowęglowego prowadzone na początku XXI w.Świechowski Z., Stan wiedzy na temat chronologii wczesnej architektury monumentalnej w Polsce po pięcioletnich badaniach przy zastosowaniu metody 14C, "Kwartalnik architektury i urbanistyki", tom LVI, z. 3/2011.
O przekazaniu tym wspomina Długosz – miał go dokonać w 1183 r. biskup krakowski Gedko. Norbertanki przeniosły się m.in. tutaj na kilkanaście lat po zniszczeniu ich klasztoru podczas najazdu mongolskiego w 1241 r.