Po śmierci Ananiasza Zajączkowskiego (6 kwietnia 1970) zwierzchnictwo nad związkiem sprawował Tymczasowy Wielki Zarząd Duchowy. Na zjeździe delegatów ośrodków karaimskich 18 czerwca 1973 dokonano wyboru Szymona Pileckiego na nowego przewodniczącego zarządu związku. Od 1974, ze względu na anachroniczność przepisów ustawy, związek funkcjonował opierając się na przepisach zatwierdzanego przez władze PRL statutu. Na mocy wprowadzonej wówczas regulacji władzę zwierzchnią sprawuje zarząd Karaimskiego Związku Religijnego w RP na czele z przewodniczącym.
23 listopada 2024 w trakcie Zjazdu Karaimskiego Związku Religijnego w Rzeczypospolitej Polskiej na przewodniczącą Zarządu została wybrana Anna Sulimowicz-Keruth.
Życie religijne thumb|Cmentarz Karaimski w Warszawie Po osiedleniu się we współczesnych granicach Polski karaimi musieli niemal od początku organizować życie religijne. W największych nowo powstałych ośrodkach karaimskich stworzyli oni w końcu swe trzy nowe gminy wyznaniowe (Warszawa, Gdańsk i Wrocław). Wszystkie dawne świątynie i miejsca kultu polskich karaimów znalazły się na terytorium ZSRR. Niewielka liczebność nie pozwoliła karaimom na wzniesienie we współczesnych granicach Polski pełnowartościowej kienesy.