Produkcja Preprodukcja Podczas premiery Godzilla: S.O.S. dla Tokio Tōhō ogłosiło nowy film jako celebrację 50-lecia Godzilli. Producent serii, Shōgo Tomiyama zaprzeczył też plotkom mówiącym, że będzie stanowić kontynuację poprzedniego filmu. Film miał być ostatnim filmem z serii Millenium, a także ostatnim z udziałem Godzilli na jakiś czas. Prace rozpoczęto już w 2003 roku i był pomyślany jako najlepszy film z serii i jej najbardziej widowiskowe zwieńczenie. Pierwotny scenariusz autorstwa producenta serii Wataru Mimury opowiadał o inwazji kosmitów wysyłających osiem potworów na Ziemię, zaś Godzilla miał być Godzillą Juniorem z filmu Godzilla kontra Destruktor uwięzionym w lodowcu w latach 90., zaś uwolnionym w 2032 roku, by pokonać potwory i kosmitów. Akcja miała dziać się w 2030 roku, stąd część konceptów w gotowym filmie ma futurystyczny wygląd. Mimura wiedząc, że film ma być na ten moment ostatnim z serii, wizualizował go jako „imprezowy film” ze znajomymi kaijū.