Ograniczenie połączeń między zachodnią częścią miasta a okolicą spowodowało w latach 1945–1952 zamknięcie, a następnie wyburzenie kilku dużych dworców: Lehrter Bahnhof (zburzony w latach 1957–1959, obecnie w jego miejscu Berlin Hauptbahnhof) Potsdamer Bahnhof (po wojnie nieodbudowany) Anhalter Bahnhof (zburzony w 1960, zachowany główny portal) (zburzony do 1976) Stettiner Bahnhof (od 1950 pod nazwą Nordbahnhof, do dziś zachowane fragmenty) dawny Nordbahnhof (obecnie Park Muru – Mauerpark)
Dworzec czołowy Berlin Hamburger Bahnhof został zamknięty już w 1884 r.
Od lat 50. ruch pociągów dalekobieżnych w centrum miasta został ograniczony do wiaduktowej kolei średnicowej (Stadtbahn). NRD zbudowała wokół Berlina Zachodniego zewnętrzną linię obwodową (Berliner Außenring), pozwalającą na jego ominięcie przez pociągi z zachodu i południa kraju. Dworzec Śląski we wschodniej części Berlina przemianowano na Ostbahnhof (Dworzec Wschodni), a później Hauptbahnhof i przejął on część połączeń dalekobieżnych. Większą część ruchu przejął położony dalej na wschód dworzec Berlin-Lichtenberg. Z kolei pociągi międzystrefowe i tranzytowe odjeżdżające z Berlina Zachodniego zatrzymywały się tam na Dworcu Zoo.