Schwarzer grał także w finale tego pucharu w zremisowanym 1:1 meczu z Leicester City, jednakże doznał kontuzji i w powtórce nie wystąpił, a jego zespół przegrał. Jednak w 2004 roku Schwarzer odbił sobie to niepowodzenie i pomógł Middlesbrough w zdobyciu Pucharu Ligi.
Jednym z najważniejszych momentów w karierze Schwarzera to mecz z Manchesterem City w sezonie 2004/2005, kiedy to obronił w doliczonym czasie gry rzut karny wykonywany przez Robbie Fowlera. Dzięki remisowi 1:1 w tym meczu Middlesbrough awansował do Pucharu UEFA. Schwarzer został wówczas okrzyknięty bohaterem Middlesbrough. Latem 2005 Mark dostał pozwolenie na opuszczenie Boro, jednak z powodu małego zainteresowania jego osobą pozostał w zespole. W meczu z West Ham United doznał złamania kości policzkowej i wydawało się, że przez tę kontuzję opuści drugą część sezonu. Schwarzer powrócił na finałowy mecz Pucharu UEFA z Sevillą i zagrał w specjalnej masce. Jednak nie mógł zapobiec porażce jego zespołu 0:4.
Od sezonu 2008/09 był bramkarzem Fulham. Australijczyk odrzucił propozycję Middlesbrough przedłużenia wygasającego w czerwcu kontraktu i na zasadzie wolnego transferu przeniósł się na Craven Cottage. W nowym klubie zadebiutował 16 sierpnia w wygranym 2:1 ligowym spotkaniu z Hull City.