Dodatkowo każdy z rodów ma możliwość wybudowania w dwóch ostatnich misjach budynku Palace, który produkuje bezpłatnie, pojawiające się w określonych odstępach czasu jednostki: dla Atrydów: Fremen (odpowiednik Heavy Troopers, będący poza kontrolą gracza); dla Harkonnenów: Death Hand (rakieta naprowadzana nieskończonego zasięgu); dla Ordosów: Saboteur (wykonuje sabotaże pojedynczych budynków lub jednostek).
W grze występują także jednostki Imperatora – Sardaukarzy. Pojawiają się one epizodycznie w poszczególnych misjach – Sardaukar Troopers oraz w ostatniej misji, gdzie w rozbudowanej bazie stanowią dodatkową, wrogą w stosunku do gracza stronę konfliktu. Ich budynek Palace produkuje jednostkę Death Hand.
Walutą umożliwiającą konstrukcję nowych jednostek i budynków są kredyty, które uzyskuje się ze zbiorów i sprzedaży melanżu, przechowywanego w silosach.
Sztuczna inteligencja Dune II zawiera jedne z pierwszych algorytmów sztucznej inteligencji, czyli mechanizmów kierujących wrogimi dla gracza siłami.