Od 9 stycznia 1984, wraz z przejęciem zachodniej części S-Bahn przez BVG, dworzec ponownie stał się stacją końcową – zdecydowano bowiem o zamknięciu przebiegającego pod Berlinem Wschodnim odcinka tunelu. Na dworzec wjeżdżały już tylko pociągi z Lichtenrade. Z powodu protestu mieszkańców, dnia 1 maja 1984 uruchomiono tunel ponownie, zaś 1 lutego 1985 przywrócono ruch do dworca Wannsee. Pomiędzy 18 sierpnia 1991 a 1 marca 1992 tunel na północ od dworca ponownie zamknięto i wówczas m.in. oczyszczono go z nagromadzonego w czasie zalania szlamu. 15 października 1993 otwarto windy prowadzące bezpośrednio na perony. Od 28 maja 1995 pociągi kursują ponownie na Lichterfelde Ost.
10 sierpnia 2004 na stacji zapalił się wagon samobieżny typu 480 i spłonął całkowicie, jednak dzięki sprawnej akcji maszynisty i zawiadowców stacji udało się uratować wszystkich pasażerów. Do 23 grudnia 2004, kiedy to otwarto peron w kierunku północnym, pociągi przejeżdżały przez wypalony dworzec bez zatrzymania z prędkością 20 km/h. Dopiero 20 grudnia 2005 otwarto peron w kierunku południowym.