Status zagrożenia i ochrona IUCN uznaje słowika rdzawego za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. Liczebność światowej populacji, obliczona na podstawie szacunków organizacji BirdLife International dla Europy z 2021 roku, mieści się w przedziale 37,1–55,8 milionów dorosłych osobników; globalny trend liczebności populacji w ciągu ostatnich trzech pokoleń (10 lat) uznano wówczas za stabilny.
Na terenie Polski gatunek ten jest objęty ścisłą ochroną gatunkowąRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). Według szacunków Monitoringu Pospolitych Ptaków Lęgowych (MPPL), w latach 2013–2018 liczebność populacji lęgowej słowika rdzawego na terenie kraju wynosiła 145–193 tysiące par, jest on zatem nieco liczniejszy od słowika szarego.