Do wystąpienia przeciw bratu zachęcał Ptolemeusza VIII dworzanin Dionizjos, który zdołał wszcząć w 164 p.n.e. bunt przeciw Ptolemeuszowi VI. Bracia doszli jednak do porozumienia, a powstanie Dionizjosa zakończyło się klęską. Kilka miesięcy później doszło do nowego konfliktu między braćmi, a Ptolemeusz VI został zmuszony do oddania władzy.

Wygnanie Pozbawiony korony Ptolemeusz VI udał się statkiem do Ostii, a stamtąd pieszo do Rzymu, gdzie zwrócił się do Senatu z prośbą o pomoc w odzyskaniu władzy. Rzymscy decydenci zgodzili się na przedsięwzięcie poselstwa do Egiptu w jego sprawie. W związku z tym wygnaniec udał się na Cypr, skąd oczekiwał wiadomości z kraju. W 163 p.n.e. na mocy firmowanego przez Rzym porozumienia Ptolemeusz VIII otrzymał Cyrenajkę, zaś Ptolemeusz VI Egipt i pozostałe posiadłości, w tym Cypr.