mały|Kolumna wypełniona złożem agarozowym z niklem, stosowana do oczyszczania białek zawierających znacznik histydynowy Chromatografia powinowactwa – rodzaj chromatografii adsorpcyjnej, w której wykorzystuje się wzajemne swoiste powinowactwo dwóch substancji, zdolnych do tworzenia kompleksów ligand–substrat, np.: enzym–substrat enzym–inhibitor antygen–przeciwciało hormon–receptor W przypadku każdej pary cząsteczek nie ma znaczenia, która z nich zostanie wybrana jako ligand i immobilizowana.
Zasada działania Fazę stacjonarną stanowi obojętny chemicznie, nierozpuszczalny polimer (np. żel dekstranowy, agarozowy lub poliakrylamidowy) związany z ligandem. Umieszcza się go w kolumnie, a następnie równoważy odpowiednim buforem myjącym. Kolejnym krokiem jest przepuszczenie roztworzonego substratu (fazy ruchomej) przez złoże. Podczas rozdziału chromatograficznego z fazą stacjonarną wiążą się tylko te cząsteczki analizowanej mieszaniny, które wykazują do nich swoiste powinowactwo. Następnie przemywa się kolumnę buforem myjącym, by wypłukać nieswoiście związane białka i inne składniki fazy ruchomej. Składniki związane przez nośnik mogą być z niego wymyte przez zmianę pH, zwiększenie siły jonowej lub wprowadzenie do fazy ruchomej czynnika rozrywającego powstałe połączenia - stosuje się do tego bufor elucyjny.