Czerniki jako wieś czynszowa lokowana została w XIV w. na prawie chełmińskim, już wtedy we wsi była karczma i działał młyn wodny, który znajdował się w pobliżu kościoła przy strumieniu odprowadzającym wodę z jeziora Siercze do Gubra. Młyn w tym miejscu funkcjonował jeszcze w XX w. W lipcu 1907 uruchomiono linię kolejową nr 259 na trasie Kętrzyn–Węgorzewo. Pociągi osobowe kursowały na tej linii do 30 maja 1992, a towarowe do roku 2000. Obecnie linia jest nieczynnapoMazurach.pl. W 1928 przy kościele ustawiono granitowy głaz z napisem upamiętniającym poległych żołnierzy w czasie I wojny światowej. Głaz ten został usunięty w końcu lat dziewięćdziesiątych XX w.. Małą elektrownię wodną wybudowano około roku 1920.
Zabytki Kościół w Czernikach wybudowano pod koniec XIV w. na miejscu świętego gaju Prusów. Parafia w Czernikach należała do archiprezbiteratu w Reszlu do 1525. Od 1490 proboszcz z Czernik obsługiwał kaplicę w Sterławkach Wielkich. Kościół był przebudowywany w latach 1749–1750 i 1771–1772, a w roku 1886 dobudowano wieżę. Do drugiej wojny światowej nad wejściem do kościoła wisiała podkowa. Podkowę tę wiązano z legendą o karczmarce z Nakomiad, którą diabeł zamienił w koniaPiotr Skurzyński "Warmia, Mazury, Suwalszczyzna" Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A. Warszawa 2004 s. 184.