Harris na swojej stronie zagroził śmiercią Brooksowi Brownowi – jednemu ze swoich szkolnych kolegów – oraz chwalił się posiadaniem materiałów wybuchowych. Zaniepokojeni rodzice Browna złożyli oficjalną skargę. Śledczy przyjęli wniosek Browna, jednak nie znaleźli stron internetowych Harrisa ani informacji o wykonanych przez niego bombach. Prowadzący śledztwo w tej sprawie Michael Guerra napisał wniosek o nakaz rewizji w domu Harrisów – jednak nigdy nie trafił on do sędziego. Policja ukrywała wszelkie informacje na ten temat aż do kwietnia 2001 roku. Akta śledztwa prowadzonego przez Guerrę (zawierające ten wniosek) zaginęły w niewyjaśnionych okolicznościach tuż po strzelaninie.
W relacjach medialnych po ataku błędnie kojarzono Harrisa i Klebolda ze szkolnej kliki uczniów z subkultury gotyckiej zwaną Mafią Długich Płaszczy () – Eric i Dylan znali niektórych jej członków, ale sami nie byli członkami tego zrzeszenia.