Sezon 2006/2007 zakończył z 11 występami we wszystkich rozgrywkach.
28 października 2007 roku w zremisowanym 1:1 meczu z Arsenalem doznał kontuzji stopy. Mimo to 31 października zmienił w 87. minucie spotkania Pucharu Ligi z Cardiff City Lucasa Leivę. 29 lutego 2008 Mascherano został wykupiony z Media Sports Investment przez Liverpool i podpisał czteroletni kontrakt. Kwota zapłacona przez klub wyniosła około 17–19 milionów funtów. 15 marca w wygranym 2:1 spotkaniu Premier League z Reading strzelił swoją pierwszą bramkę dla Liverpoolu. Sezon 2007/2008 zakończył z 41 występami we wszystkich rozgrywkach.
W sezonie 2008/2009 rozegrał 38 spotkań.
17 października 2009 roku Mascherano rozegrał setne spotkanie dla Liverpoolu. Był to mecz z Sunderlandem.
FC Barcelona W sierpniu 2010 roku podpisał kontrakt z hiszpańskim klubem FC Barcelona. W sezonie 2010/2011 zdobył Mistrzostwo Hiszpanii i wygrał Ligę Mistrzów. W ostatnim sezonie pod wodzą Josepa Guardioli Javier Mascherano razem z drużyną sięgnął po cztery trofea: Copa del Rey, Klubowe Mistrzostwa Świata, Superpuchar Hiszpanii i Superpuchar Europy.