W 2000 roku występował ponownie w União Barbarense w rozgrywkach stanowych Série A1 Campeonato Paulista, gdzie zdobył dla swojego zespołu jedną bramkę.
Belenenses i Vitória Guimarães Na początku sezonu 2000/2001 trafił do klubu portugalskiej SuperLigi, CF Os Belenenses. W lidze portugalskiej zadebiutował 27 sierpnia 2000 roku w spotkaniu z FC Porto. Po roku występów w Belenenses zawodnik przeniósł się do Vitórii Guimarães, która wykupiła jego kartę zawodniczą od linii lotniczych TAM. W Vitórii Cléber spędził 5 lat występując w portugalskiej SuperLidze. Swoją pierwszą bramkę w lidze portugalskiej strzelił 20 sierpnia 2001 roku w spotkaniu z SC Farense. Była to jedyna bramka w tym meczu, która zapewniła Vitórii wygraną. 15 września 2005 roku zdobył bramkę, w spotkaniu I rundy pucharu UEFA przeciwko Wiśle Kraków. W Vitórii Guimarães pełnił funkcję kapitana zespołu.