Jednak po użyciu przez Godzillę pulsu nuklearnego, wyładowania elektryczne wróciły w stronę Mechagodzilli uszkadzając go.

Podczas naprawy maszyny dokonano w niej modyfikacjach dołączając zdolność łączenia się ze statkiem powietrznym Garudą − poprzednią maszyną stworzoną do walki z Godzillą. Po odkryciu istnienia drugiego mózgu u Godzilli, wojsko zdecydowało się użyć zmodyfikowanego Mechagodzillę. Gdy Rodan pojawia się w Kioto, Garuda i Mechagodzilla wspólnymi siłami niemal go zabijają. Gdy do Kioto przybył Godzilla, obie maszyny połączyły się tworząc potężnego Super Mechagodzillę i zniszczyły drugi mózg Godzilli paraliżując go. Jednak mózg Godzilli zregenerował się, gdy umierający Rodan dał mu swą energię życiową. Dzięki temu silniejszy Godzilla zniszczył całkowicie Super Mechagodzillę.

Seria Millenium W serii Millenium Mechagodzilla był określany jako Kiryū. Został zbudowany przez Japończyków. Kiryū mógł walczyć tylko przez dwie godziny (inne Mechagodzille nie miały aż takiego ograniczenia) i mógł używać działa Zero Absolutne, co pożerało jednak 40% energii robota.