Gdy Godzilla i Kong walczyli w Hongkongu o dominację, Apex aktywował Mechagodzillę, nasyconego już energią Pustej Ziemi. Jednak maszyna natychmiast zerwała połączenie neuronowe z Renem Serizawą, zanim go zaszokowała i zabiła. Mechagodzilla wymknął się spod kontroli, zabijając Simmonsa, gdy wydostał się ze swej bazy pod Victoria Peak i zaczął niszczyć to, co zostało z Hongkongu za pomocą Protonowego Krzyku. Godzilla, który właśnie prawie zabił Konga, natychmiast ruszył do walki. Mimo to Mechagodzilla okazał się silniejszy od Godzilli, poważnie go raniąc. Kong będąc tego świadkiem, został przekonany przez Jię, że to Mechagodzilla jest prawdziwym wrogiem, a nie Godzilla. Oba potwory połączyły siły w walce wciąż silnym Mechagodzillą.
Madison, Josh i Hayes zdali sobie sprawę, że Mechagodzilla nadal jest kontrolowana przez centrum dowodzenia, więc Josh włamał się do systemu robota, próbując go spowolnić. Po uszkodzeniu panelu kontrolnego Mechagodzilla chwilowo się zatrzymał, co pozwoliło Godzilli wystrzelić swój atomowy oddech w topór Konga, doładowując go. Zaś Kong ostatecznie zniszczył Mechagodzillę i dzierżąc jego odrąbany łeb ryknął triumfalnie.