Małopolskie thumb|SA109-009 28 stycznia 2003 województwo małopolskie wraz podkarpackim i śląskim podpisały umowę na zakup po dwóch dwuczłonowych regiovanów na województwo. W węźle krakowskim już wcześniej jeździł jedyny SA104, będący własnością PKP Przewozów Regionalnych, wyprodukowany również przez Kolzam.
1 kwietnia 2004 SA109-002 dla województwa małopolskiego rozpoczął kursowanie na trasie Sucha Beskidzka – Żywiec. 1 lutego 2005 dostarczono SA109-009, był to ostatni pojazd wyprodukowany przez Kolzam.
26 maja 2006 zespół SA109-002 został przydzielony do nowo otwartego połączenia Balice Ekspres. Na początku 2007 do obsługi węzła krakowskiego dostarczono wagony elektryczne Pesa 308B i spalinowe zespoły trakcyjne Pesa 218Mc, a oba regiovany przesunięto z powrotem na linię Sucha Beskidzka – Żywiec. 12 grudnia 2010 całkowicie zawieszono przejazdy na tej linii, a małopolskie kolzamy stały się pojazdami rezerwowymi w węźle krakowskim.