Komórki hodowane w jednej warstwie są pozbawione przestrzennej struktury, brak jest specyficznych interakcji komórek, które spotyka się w organizmach. Rosnąc w monokulturze, nie mają kontaktu z różnymi bodźcami, które są generowane przez złożone środowiska tkanek i narządów. Komórki hodowane jako polimorficzna zawiesina lub w kokulturze (2 i więcej różnych typów komórek) często organizują się podobnie jak w warunkach in vivo. W przypadku dłuższych hodowli, ostatecznie przeżywają tylko 1–2 typy komórek, przez co zanika wiele interakcji.
Metabolizm komórek zachodzi głównie na drodze glikolizy, a rola cyklu Krebsa jest mniejsza.
Ponadto można wyróżnić: hodowle na mikronośnikach – komórki rosną na kulkach dekstranowych, żelatynowych, szklanych lub plastikowych, dzięki czemu osiąga się bardzo dużą powierzchnię wzrostu w małej objętości pożywki; sferyczne agregaty komórkowe (sferoidy) – komórki rosną w skupiskach w warunkach uniemożliwiających przyczepienie się ich do podłoża (np. hodowle rotacyjne, hodowle na podłożu nieadhezyjnym). Sferoid nie stanowi kolonii, bo nie powstaje przez podział pojedynczej komórki.