XVI – XIX wiek thumb|Panorama Krakowa, prawdopodobnie XVII lub XVIII wiek thumb|Panorama Krakowa z lat 1793–1798 Największy rozwój Krakowa przypada w pierwszej połowie XVI wieku. Dzięki stale zwiększającej się liczbie cechów kupieckich w mieście rozkwitał handel. Rozwijała się architektura. Dzięki włoskim architektom przybyłym do Krakowa, zamek królewski na Wawelu stał się jedną z najpiękniejszych budowli renesansowych w Polsce, a kaplica Zygmuntowska – najpiękniejszym mauzoleum w kraju. W 1520 r. pierwszy raz zabrzmiał dzwon Zygmunt. Kilka lat później, 10 kwietnia 1525 roku, na Rynku Krakowskim odbył się hołd pruski – książę Prus Albrecht Hohenzollern złożył hołd królowi polskiemu, oddając mu w lenno swoje nowo powstałe państwo.

Począwszy od 1596 r. król Zygmunt III Waza rozpoczął przenosiny dworu królewskiego z Krakowa do Warszawy, przyczyniając się tym do zahamowania rozwoju miasta oraz spadku jego znaczenia. Dodatkowo początek drugiej połowy XVII wieku przyniósł dwa kataklizmy: czarna śmierć, czyli epidemia prawdopodobnie czarnej ospy, która pochłonęła w latach 1651–1652 kilkanaście tysięcy ofiar powódź w lipcu 1652 W 1655 roku, podczas Potopu szwedzkiego miasto zaatakowali Szwedzi, niszcząc przy tym wiele zabytków kultury i dzieł sztuki.