XI – XV wiek thumb|Kraków i okolice przed lokacją Gdy po śmierci Mieszka II doszło do tzw. reakcji pogańskiej i najazdu Czechów, następca tronu Kazimierz został wygnany. Po powrocie (prawdopodobnie w 1039 lub 1040), książę obrał Kraków za swój główny ośrodek administracyjny. Przypuszczalnie niebagatelną rolę odegrał w tym fakt, że Kraków, w przeciwieństwie do miast Wielkopolski, nie został dotknięty buntem ani zniszczeniami wyrządzonymi przez Czechów.

Jak podaje legenda – król Bolesław Szczodry zamordował biskupa krakowskiego Stanisława w kościele na Skałce, gdy ten sprawował mszę świętą. Śmierć Stanisława była skutkiem konfliktu, jaki wynikł między obydwoma dostojnikami. Biskup Stanisław został kanonizowany w 1253.

Wszechstronny rozwój miasta sprzyjał chęci poznania podań o jego powstaniu, które pierwszy opisał już Wincenty Kadłubek w swojej kronice. Wedle jego świadectwa Kraków założono w hołdzie zmarłemu Krakowi, nazywając gród na cześć jego imienia. Mistrz Wincenty podaje także drugą etymologię, którą miało być krakanie kruków żerujących na ciele zabitego smokaMistrz Wincenty Kadłubek, Kronika polska, tłum. B. Kürbis, Wrocław 2003, s. 16; pierwsze podanie potwierdza S. Urbańczyk, Nazwy naszych stolic, Kraków 1965;