Występy w sezonie 2005/2006 Nawotczyński rozpoczął od meczu z Lechią Gdańsk w którym grał przez pełne 90 minut. Jego dobra gra powodowała, że był podstawowym zawodnikiem Jagiellonii. 15 października wystąpił w wygranym 6:0 ligowym pojedynku z KSZO Ostrowiec. Nawotczyński grał twardo, jednak rzadko karany był żółtymi bądź też czerwonymi kartkami (w sezonie 2005/2006 dostał jedynie cztery). Jego zespół na koniec rozgrywek uplasował się na trzecim miejscu dającym prawo gry w barażach. W nich spotkał się z Arką Gdynia i dwukrotnie okazał się gorszy (Nawotczyński w obydwu spotkaniach grał przez pełne 90minut).
Po skończeniu okresu wypożyczenia Nawotczyński wrócił do Krakowa, jednak nie podjął treningów z Wisłą (trenował indywidualnie). W połowie sierpnia 2006 roku Biała Gwiazda wyraziła zgodę na treningi piłkarza w Białymstoku do momentu zamknięcia okienka transferowego. W jego ostatnim dniu Nawotczyński został definitywnie piłkarzem Jagiellonii. Występy w sezonie 2006/2007 rozpoczął od meczu siódmej kolejki rozgrywek drugiej ligi z ŁKS-em Łomża wygranym przez jego zespół 3:2. Nawotczyński nadal miał pewne miejsce w podstawowym składzie białostockiego klubu, jednak urazy spowodowały, że wystąpił tylko w dwudziestu spotkaniach.