Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Brazylii Fred zadebiutował w zwycięskim 3:0 meczu z Gwatemalą 27 kwietnia 2005 roku. W drugim swoim występie, 12 listopada tego samego roku ze Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi (8:0) zdobył dwie bramki w końcówce spotkania. Fred wystąpił również w meczu towarzyskim z Rosją (1:0) 1 marca 2006 roku, zdobył nawet bramkę, ale nieuznaną. Następnie został również powołany przez Carlosa Alberto Parreirę na Mistrzostwa Świata, na których zmienił Adriano w drugim meczu grupowym z Australią (2:0), w którym zdobył drugą bramkę w 90 minucie spotkania. W 2011 powrócił do reprezentacji. Został powołany do kadry na Copa América. Na turnieju w Argentynie wchodził z ławki w każdym z czterech meczów. W meczu z Paragwajem zdobył bramkę na 2-2.
W 2013 roku wywalczył z Reprezentacją Brazylii Puchar Konfederacji 2013. W finale Brazylijczycy pokonali Hiszpanów 3:0, a sam Fred zdobył w tym meczu dwie bramki. Ogółem strzelił ich 5, dzięki czemu otrzymał Srebrnego Buta.