Kariera klubowa Borgetti, którego dziadek ze strony ojca był Włochem, rozpoczynał swoją piłkarską karierę w małym klubie CF Culiacán, skąd w 1994 roku przeszedł do zespołu Atlas z Guadalajary, w Primera División zadebiutował 6 marca 1994 roku. Dla pierwszego klubu zdobył 21 goli w 61 meczach, jednak uznania nie zdobył i w 1996 został sprzedany do zespołu Santos Laguna z Torreón, dla którego przez osiem lat zdobył 189 bramek w 295 meczach (wliczając fazy play–off). Stworzył bramkostrzelny duet z Chilijczykiem Rodrigo Ruizem. Dwukrotnie zdobywał tytuł najlepszego strzelca ligi: w sezonie zimowym 2000 i latem 2001. Następnie Borgetti występował w swoim rodzinnym mieście Culiacán w klubie Dorados de Sinaloa, zaś od 2005 był zawodnikiem czołowego klubu Primera División C.F. Pachuca, w którym stał się jednym z najlepszych zawodników Meksyku i latem 2005 został sprzedany za 900 tysięcy funtów do Bolton Wanderers, jako pierwszy Meksykanin w Premiership. W sezonie 2005/06 zdobył dla Boltonu 2 gole w 19 meczach. W drugiej połowie 2006 roku grał w saudyjskim Al–Ittihad, od 2007 reprezentował barwy meksykańskich Cruz Azul, Monterrey, Guadalajary, Puebli i Morelii.