To bez wątpienia był bardzo skomplikowany czas w moim życiu”.
Artystka rozważała kierunek, w jakim należy pójść w pracach nad nowym materiałem, podczas gdy jej producenci Patrick Leonard i Stephen Bray eksperymentowali z pomysłami na nowe piosenki. Obaj chcieli, by tytułowy utwór był unikatowy, jednak tworzyli w zupełnie odmiennych stylach. Madonna uznała, że koncepcje Leonarda są ciekawsze i to z nim postanowiła napisać oraz wyprodukować piosenkę, której wspólnie nadali tytuł „Like a Prayer”. Był to pierwszy utwór, który powstał podczas prac nad albumem, a jego napisanie potrwało około trzech godzin. Piosenkarka wyznała, że podmiotem lirycznym jest młoda dziewczyna „tak zakochana w Bogu, że stał się on najważniejszym mężczyzną w jej życiu”. Inspiracją dla Madonny przy pisaniu tekstu była wiara w transsubstancjację, czyli przemianę substancji podczas Eucharystii: chleba (hostii) w Ciało, a wina w Krew Jezusa Chrystusa. Artystka chciała, by piosenka miała podobną, duchową siłę, a żadne słowo nie padło w niej przypadkowo. Postanowiła, że tekst będzie dwuznaczny, co miało na celu sprowokowanie słuchaczy do myślenia.