Następnego dnia Leonard zatrudnił gitarzystę Bruce’a Gaitscha i basistę Guya Pratta, którzy mieli zagrać w piosence. Pratt poprosił o pomoc kilku innych muzyków, którzy rano mieli pojawić się w studio, jednak w ostatniej minucie odwołał spotkanie. Niezwykle zdenerwowało to Madonnę, która zaczęła krzyczeć i przeklinać na Leonarda, mimo to zdecydowała się nie zwalniać Pratta natychmiastowo. Gdy rozpoczęły się sesje nagraniowe, piosenkarka dzwoniła do niego pytając o opinie na temat powstającego materiału i zapraszała go do studia, gdzie chciała oświadczyć mu, że został zwolniony.
W międzyczasie Leonard zatrudnił kilku brytyjskich muzyków: Chestera Kamensa, Davida Williamsa i Danna Huffa. Chciał, by „Like a Prayer” i inne powstające piosenki były w stylu „dziwacznego” brytyjskiego rocka. Pomysł nie spodobał się Madonnie, która miała inną wizję ostatecznego brzmienia swojej muzyki. Gdy utwór został nagrany, artystka zarządziła, że zostaną w nim wprowadzone zmiany. Powiedziała perkusiście Jonathanowi Moffetowi, by w „mostku” grał mniej na hi-hatach, a pod koniec wprowadził riff. Pratta poprosiła o całe nuty na końcu piosenki, a Kamensa o zagranie na gitarze w drugiej zwrotce. Gdy w końcu nagrano wszystkie instrumenty strunowe i wokal, Madonna uznała, że utwór jest gotowy i nie trzeba wprowadzać już żadnych poprawek.