Przemiana wewnętrzna Ten pomyślny okres przerwała choroba, która spowodowała wewnętrzną przemianę i uświadomiła mu potrzebę wiary. Po wyzdrowieniu porzucił dotychczasowe życie i w 1548 wyjechał do Genewy – ośrodka reformacji kalwińskiej, nazywanego „Rzymem protestanckim”.
Przyjęty z radością przez Kalwina, wkrótce wziął ślub z Claudine Denoèse (którą wcześniej wahał się poślubić z powodu jej ubóstwa).
Działacz reformacji W 1549 zaczął wykładać język grecki w Akademii w Lozannie. Jednocześnie zaczął tworzyć dzieła, propagujące wiarę protestancką: dramat Abraham Sacrifiant (Ofiara Abrahama) 1550, satyrę Passavantius i 34 psalmy (Psałterz genewski). Bronił też doktryny o predestynacji oraz decyzji Kalwina o spaleniu Miguela Serveta. Od 1557 zaczął aktywnie bronić prześladowanych waldensów i podjął w tym celu wiele podróży i interwencji. Apelował także o pomoc dla anabaptystów i hugenotów u protestanckich książąt niemieckich. Propagował bez sukcesu ideę jedności wszystkich protestantów.