Z jednej strony ominęły go pewne zmiany typologiczne, którym uległy języki Indonezji zachodniej, znajdujące się pod silnym i długookresowym wpływem malajskiego; z drugiej strony istnieje koncepcja zakładająca, że na charakter fonologii malgaskiej rzutował kontakt z językami komoryjskimi (możliwy substrat bantu); .. O ile gramatyka malgaska jest stosunkowo zachowawcza, to z hipotetycznego substratu może pochodzić system czasów w malgaskim. Konserwatywną cechą języka malgaskiego jest austronezyjski system stron gramatycznych („typu filipińskiego”).
Bardzo prawdopodobne, że zalążki języka i społeczności malgaskiej powstały jeszcze na Borneo, poprzedzając migrację wczesnej ludności na Madagaskar. Pewne cechy językowe sugerują, że już wtedy malgaski był samodzielnym reprezentantem języków barito południowo-wschodnich; .. Malgaski zapożyczył chociażby jawajski prefiks honoryfikatywny -ra, który nie występuje w innych językach grupy; na uprzednio zarysowaną jego odrębność wskazują też niektóre zmiany dźwiękowe;