Wszystkie lokomotywy serii ET40 przydzielono do MD Bydgoszcz Wschód. Po rozpoczęciu ich eksploatacji zaczęto formować pociągi o masie 3520 t składające się z 44 węglarek czteroosiowych i kursujące na odcinku Niedobczyce – Gdańsk Port Północny. Dobowe przebiegi lokomotyw prowadzących te składy osiągały wartość 530 km. W kwietniu i maju 1976 przeprowadzono próby z pociągami o masie 4000 t złożonymi z węglarek sześcioosiowych typu 601W. Lokomotywy ET40, które je prowadziły, były wyposażone w sprzęg samoczynny SA-3, jednak ze względu na małą liczbę odpowiednich wagonów, małe przebiegi dobowe elektrowozów oraz niedobór lokomotyw zaprzestano eksploatacji takich pociągów na magistrali węglowej. W pierwszych latach użytkowania można było również spotkać lżejsze pociągi prowadzone pojedynczymi sekcjami lokomotyw ET40.
Mimo stosunkowo dobrych własności trakcyjnych, lokomotywy ET40 były awaryjne. Najczęstszym usterkom ulegały sprężarki powietrza oraz obręcze i czopy skrętu. Przy braku części zamiennych oraz niewystarczającej liczbie zapasowych silników trakcyjnych dostarczonych przez producenta, średnio 16 elektrowozów było odstawionych.