23 lipca 2003 miała miejsce próba odbiorcza lokomotywy ET40-21 po naprawie rewizyjnej wykonanej w lokomotywowni Bydgoszcz Wschód. Pojazd podczas remontu otrzymał malaturę zbliżoną do pierwotnego schematu malowania, w którym odcienie zieleni były od siebie oddzielone dwoma białymi pasami. Do 2008 malowanie to wdrożono łącznie na 10 elektrowozach tej serii. 7 czerwca tego roku zakończono rewizję egzemplarza o numerze 34, która była ostatnią naprawą lokomotywy ET40 wykonaną w Bydgoszczy. Wówczas ZNTKiM Gdańsk stały się jedynymi zakładami naprawiającymi te elektrowozy.
W 2007 ilostan elektrowozów ET40 zmniejszył się z 46 do 45. W sierpniu 2008 część tych lokomotyw oddelegowano do Zakładu Taboru w Katowicach, a 1 października 12 egzemplarzy wpisano na jego stan. 31 października w Gdańsku ukończono naprawę elektrowozu ET40-43, podczas której otrzymał on niebieskie barwy PKP Cargo. Był to jedyny pojazd tej serii w tym malowaniu.
Na początku 2009 cała seria lokomotyw ET40 została przekazana do rezerwy długoterminowej.