W 2000 roku Sonic Team wydał grę fabularną Phantasy Star Online, która odniosła sukces zarówno artystyczny, jak i komercyjny.
W październiku 2000 roku Sega przystąpiła do restrukturyzacji i wydzieliła działy zajmujące się produkcją oprogramowania w osobne spółki zależne. Przy zmianie nazw Naka uznał za istotne zachowanie marki Sonic Team, wobec czego nowa nazwa prawna spółki brzmiała Sonic Team, Ltd. (jap. 株式会社ソニックチーム, Kabushiki-gaisha Sonikku Chīmu). Naka objął stanowisko prezesa, a Sonic Team USA stał się spółką zależną nowego przedsiębiorstwa.
Mimo dobrego przyjęcia wielu gier Sega wycofała Dreamcasta ze sprzedaży w 2001 roku i zrezygnowała z produkcji sprzętu. Przedsiębiorstwo przekształciło się w wydawcę i producenta gier na platformy innych firm. Od 2000 roku japoński Sonic Team wydawał mniej gier;