Blackbirds w linii thumb|left|SR-71A podczas kołowania na lotnisku w 1995 Pierwsza wersja Blackbirda A-12 przez cały czas użytkowania przez CIA pozostała w tajemnicy i stacjonowała w bazie Groom Lake. Loty operacyjne pod koniec lat 60. odbywały się z bazy Kadena na Okinawie. Wersja myśliwska YF-12A rozpoczęła loty w bazie Groom Lake. Po oficjalnym ogłoszeniu przez Prezydenta Lyndona Johnsona istnienia programu Blackbirds samoloty YF-12A przebazowano do Edwards AFB w Kalifornii. Ostatnia wersja Blackbirda SR-71 po wcieleniu do służby stacjonowała w bazie Beale AFB niedaleko Sacramento w Kalifornii. Czasowo odbywała również loty z bazy Griffiss koło Nowego Jorku, w Japonii z bazy Kadena na Okinawie. W Europie stacjonowały w bazie RAF Mildenhall w Wielkiej Brytanii. Po nalocie amerykańskiego lotnictwa na Trypolis w 1986 Blackbird startujący z Wielkiej Brytanii dokonał rekonesansu nad północną Libią. Gdy w drodze powrotnej mimo braku zgody Francji na przelot nad jej terytorium samolot wleciał w obszar powietrzny Francji, francuskie myśliwce Mirage nie były w stanie go przechwycić i zmusić do lądowania.