Przeciwko dyktatorskim rządom od przełomu lat 60. i 70. walkę prowadziła partyzantka muzułmańska z Narodowego Frontu Wyzwolenia Moro oraz lewicowa skupiona w Nowej Armii Ludowej„The Never Ending War in the Wounded Land: The New People’s Army on Samar”. University of Calgary.Ivan Molloy. „Revolution in the Philippines – The Question of an Alliance Between Islam and Communism”.. Równocześnie przeciwko jego dyktaturze występowała opozycja liberalna z Benigno Aquino na czele, którego Marcos kazał uwięzić. Po ośmiu latach więzienia Aquino, cieszący się dużą popularnością wśród ludności, został zwolniony i wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie przeszedł operację serca. Po zakończeniu kuracji zdecydował się powrócić do Filipin. 21 sierpnia 1983 roku został jednak zastrzelony na lotnisku w Manili. Jego śmierć spowodowała wybuch zamieszek w całym kraju. Marcos został zmuszony do powołania komisji śledczej, która ustaliła, że za zamach odpowiedzialny był najwyższy rangą oficer armii filipińskiej, krewny i bliski współpracownik Marcosa – generał Fabian Ver.
Jego wizerunek znajdował się na monecie obiegowej o nominale 5 peso emitowanej w 1975 i 1982 roku.