Jony obojnacze aminokwasów są rodzajem soli wewnętrznych (amfolitami), dlatego mają wiele właściwości typowych dla soli: są substancjami krystalicznymi o wysokich temperaturach topnienia, wykazują duże momenty dipolowe, są rozpuszczalne w wodzie, ale nierozpuszczalne w węglowodorach.
Kryteria podziału aminokwasów Aminokwasy karboksylowe można podzielić na: naturalne białkowe pierwszorzędowe (standardowe, kodowane) – 20 (21 włączając selenocysteinę) aminokwasów, które stanowią substraty w rybosomalnej syntezie białka endogenne egzogenne drugorzędowe – powstające w wyniku potranslacyjnej modyfikacji (np. 4-hydroksyprolina) trzeciorzędowe – powstające w procesie postranslacyjnej modyfikacji w wyniku reakcji prowadzących do utworzenia niepeptydowych wiązań kowalencyjnych pomiędzy resztami aminokwasów wchodzących w skład białka np. cystyna niebiałkowe (np. kwas γ-aminomasłowy (GABA)) syntetyczne (np. β-metylofenyloalanina).
Biorąc pod uwagę chemiczną budowę, aminokwasy karboksylowe można podzielić według: położenia grupy aminowej względem karboksylowej: α, β, γ, δ i ε-aminokwasy;