Sieć wodna thumb|Katarakta na Raduni w Basenie Żukowskim niedaleko Lnisk Według regionalizacji opracowanej przez Ministerstwo Środowiska Pojezierze Kaszubskie w całości leży w regionie Dolnej WisłyRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 czerwca 2006 r. w sprawie przebiegu granic obszarów dorzeczy i regionów wodnych ., a więc jego wody podlegają RZGW w Gdańsku. Na terenie Pojezierza Kaszubskiego znajduje się ponad 500 jezior, jeziorność wynosi aż 3,5% powierzchni mezoregionu. Większość jezior ma pochodzenie polodowcowe. Przeważają jeziora rynnowe. Rzeki płynące przez mezoregion rozpływają się we wszystkie strony, wszystkie są w zlewni Morza Bałtyckiego.
Mezoregion (poza obszarami bez odpływowymi) można podzielić na dorzecza: Raduni Redy, Łeby, Motławy, Wierzycy, Słupi, Łupawy. W podziale Augustowskiego obejmuje jeszcze dorzecze Wdy i Brdy, jednakże według podziału Kondrackiego teren ten nie należy do tego mezoregionu.