Przy braku wspólnego nazewnictwa roślin oraz terminologii dotyczącej budowy ilustracje spełniały podstawową funkcję przy identyfikacji rośliny.

Próbki materiału roślinnego badane były przez naukowców od początku istnienia techniki mikroskopowej. W roku 1667 angielski naukowiec Robert Hooke w monografii zatytułowanej Micrographica opisał mikroskopijne przedziały w tkance korka, które nazwał „cells” od łacińskiego słowa cella oznaczającego mały pokój bądź kabinę lub też od słowa cellulae oznaczającego sześciokątny element plastra miodu. Był to pierwszy opis komórki roślinnej, chociaż znacznie inaczej rozumianej niż obecnie. Za równorzędnych twórców anatomii roślin jako dyscypliny naukowej uznaje się Nehemiaha Grewa oraz Marcello Malpighiego. Pierwszy z nich w serii publikacji w latach 1670–1682 opisał proces powstawania tkanek w organach roślinnych. Jest twórcą terminów „tkanka” oraz „parenchyma”. W 1679 Marcello Malpighi w pracy Anatomia plantarum opisał wewnętrzną budowę korzenia, włókna drewna oraz budowę aparatu szparkowego.