W 1952 obroniono pierwszą rozprawę habilitacyjną. thumb|Oznaka wojskowa Szpitala Klinicznego Wojskowej Akademii Medycznej z 1992 Szpital stopniowo rozwijał się jako ważna placówka naukowa i kliniczna, zwłaszcza po utworzeniu w 1958 Wojskowej Akademii Medycznej, kiedy został przemianowany na I Centralny Szpital Kliniczny WAM, jeden z dwóch szpitali klinicznych ówczesnej wojskowej uczelni (drugi znajdował się w Warszawie). W szpitalu wprowadzano wiele nowoczesnych metod leczenia (zwłaszcza w dziedzinach zabiegowych), często jako w jednym z pierwszych ośrodków krajowych. M.in. w tym szpitalu w 1961 otwarto trzeci w kraju ośrodek dializacyjny wyposażony w sztuczną nerkę, 16 października 1964 płk prof. Jan Pruszyński z zespołem przeprowadzili pomyślnie pierwszą w Polsce operację wszczepienia sztucznej zastawki dwudzielnej do serca, a w 1965 sztucznej zastawki aortalnej, w 1995 wprowadzono litotrypsję ultradźwiękową do leczenia kamicy dróg moczowych, wprowadzano nowoczesne metody badań obrazowych (m.in. dr Jerzy Zarzycki w 1969 jako pierwszy w Polsce sfilmował i zaprezentował ruch zastawek serca w obrazie ultrasonograficznym), itp.